โรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง หรือ inflammatory bowel disease (IBD)  มีลักษณะอาการแสดงจะคล้ายกับโรคลำไส้อักเสบเฉียบพลันที่มักเกิดจากการติดเชื้อไวรัส ปรสิต หรือพยาธิ ปัจจัยการเกิดโรคยังไม่สามารถระบุได้แน่ชัด โดยสามารถเกิดการอักเสบได้ทั้งลำไส้เล็กและลำไส้ใหญ่  อาการส่วนใหญ่ ได้แก่ ปวดเกร็งในช่องท้อง กดเจ็บ ท้องเสีย ถ่ายวันละหลายรอบ ในบางรายอาจมีเลือดปนมากับอุจจาระ มีไข้ เหนื่อย เพลีย โลหิตจาง และน้ำหนักลดโดยไม่ทราบสาเหตุ โรคที่เกี่ยวข้องกับลำไส้อักเสบเรื้อรัง คือ Crohn’s disease และ ulcerative colitis ในผู้ป่วยที่มีอาการผิดปกติของระบบทางเดินอาหาร เช่น มีอาการท้องเสียเรื้อรัง เป็นมานานกว่าสองสัปดาห์ก็ยังไม่หาย ควรรีบพบแพทย์เพื่อวินิจฉัยและทำการรักษา การตรวจหาโปรตีนในอุจจาระที่มีชื่อว่า " calprotectin " ที่สามารถแยกโรคลำไส้อักเสบเรื้อรังออกจากโรคลำไส้แปรปรวนหรือ Irritable Bowel Syndrome (IBS) ได้

       นอกจากนั้นการตรวจอุจจาระเพื่อหาความผิดปกติของระบบทางเดินอาหาร หรือ Comprehensive Digestive Stool Analysis (CDSA) ยังสามารถตรวจหาภาวะลำไส้รั่ว (Leaky Gut) ความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันในลำไส้เล็ก เหมาะสำหรับผู้ที่สงสัยว่าแพ้ gluten และความสมดุลของจุลินทรีย์ในลำไส้อีกด้วย